因为二级学院权力不明，职责不清，缺乏管理等。
1、二级学院内部管理权力边界不清，存在权力交叉或权力真空，政治权利，行政权力，民主监督权力主体不明确，权力界限不清，缺乏监管。
2、二级学院权少事多，导致在实际操作过程中，职能部门与二级学院，教师，与行政管理员之间经常发生矛盾，工作脱节，效率低下。
二级学院不是二本。
二级学院是大学实行的校、院两级管理模式中的第二级（学院制），因此称为二级学院，学院或系是构成大学的最基本的教学和行政单位。
二级学院分为两种不同类型。一是指普通高等学校中，由高校统一管理的二级教学单位；二是指普通高等学校设立，但以民办机制进行运作和管理的独立二级学院，即独立学院。
二级学院不等于独立学院。大学下设的部、院、系，是学校的有机单元，由大学统一管理。而独立二级学院虽由公立大学设立，但以民办机制进行运作和管理，其经营管理模式介于公立大学和民办大学之间，有别于大学下设的二级学院。
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