南京医科大学有2个校区，分别是五台校区和江宁校区。
五台校区：汉中路140号
江宁校区：天元东路818号
设有23个学院(部)和1个独立学院，在江苏、上海、浙江、山东等地拥有24所附属医院和50多所教学医院，在校生总数1.4万多人，在职教职工1700多人。在教育部第三轮学科评估中，学校的基础医学一级学科位列全国第7，口腔医学位列第6，公共卫生与预防医学位列第3，护理学位列第8。2016年，我学校获得265项国家自然科学基金项目，项目数位居独立设置医科大学第1位。
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