南京农业大学有3个校区，分别是卫岗本部、浦口校区和珠江校区三个校区。
卫岗本部：
位置：南京市玄武区卫岗1号
浦口校区
位置：江苏省南京市浦口区点将台路40号
珠江校区
南京农业大学校区总面积9平方公里，建筑面积72万平方米，资产总值35亿元，图书资料收藏量超过229万册(部)，拥有外文期刊1万余种和中文电子图书100余万种。学校有12个一级学科在教育部第三轮学科评估中排名全国前十，其中作物学和农业资源与环境排名全国第一。
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