南京航空航天大学在中国大学排行榜中位居第64名；在江苏高校排名中位居第7名；在理工类大学排名中位居第27名。下面列表是南京航空航天大学历年排名情况：
| 年份 | 排名 | 总分 | 类型 | 人才培养 | 科学研究 | 社会影响 |
| 2015 | 64 | 64.85 | 理工 | 62.58 | 66.21 | 65.23 |
| 2014 | 58 | 64.85 | 理工 | 63.16 | 65.44 | 69.22 |
| 2013 | 50 | 63.96 | 理工 | 10.11 | 7.3 | 14.48 |
| 2012 | 46 | 10.13 | 理工 | 10.1 | 7.81 | 14.21 |
| 2011 | 51 | 9.3 | 理工 | 8.33 | 7.26 | 22.51 |
| 2010 | 46 | 10.46 | 理工 | 11.63 | 7.57 | 18.18 |
| 2009 | 42 | 11.01 | 理工 | 12.83 | 7.02 | 18.45 |
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