南京中医药大学有2个校区,分别是仙林和汉中门校区。
仙林校区:南京仙林大学城仙林大道138号
汉中门校区:江苏省南京鼓楼区汉中路282号
设有9所直属学院,有各类在校生20000余名,24个本科专业,涉及医、管、理、工、经、文等6个学科门类,初步形成了以中医药为主体、中西医结合、多学科为支撑协调发展的办学格局。拥有3个博士后科研流动站,25个博士点和44个硕士点。