南京中医药大学有2个校区，分别是仙林和汉中门校区。
仙林校区：南京仙林大学城仙林大道138号
汉中门校区：江苏省南京鼓楼区汉中路282号
设有9所直属学院，有各类在校生20000余名，24个本科专业，涉及医、管、理、工、经、文等6个学科门类，初步形成了以中医药为主体、中西医结合、多学科为支撑协调发展的办学格局。拥有3个博士后科研流动站，25个博士点和44个硕士点。
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