北京协和医学院有1个校区，校本部。
校本部：北京市东城区东单三条9号
为探求中国高等医学教育改革的创新模式，北京协和医学院与清华大学于2006年9月起开展合作办学，可同时使用“北京协和医学院——清华大学医学部”作为第二名称，并依托清华大学，部分进入“211”和“985”工程平台建设行列。
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