哈尔滨医科大学有2个校区，分别是大庆校区和本部。
哈尔滨医科大学
位于哈尔滨市南岗区保健路157号
大庆校区
2004年，学校在黑龙江省大庆市建立哈尔滨医科大学大庆校区。
截至2013年12月，学校拥有一级学科博士学位授权点8个，硕士学位授权点11个;二级学科博士学位授权点57个，硕士学位授权点61个;博士后科研流动站5个。拥有国家重点学科3个，卫生部重点专业学科33个，省级以上重点学科(群)21个。
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