哈尔滨工程大学特色有自动化、测控技术与仪器、核工程与核技术，其中自动化专业培养适应社会与经济发展需要的自动化工程以及船舶控制工程领域从事自动化装置和系统的分析与设计、优化与集成、开发与研究、运行与维护以及技术管理等工作的高级工程技术人才。
| 国家特色专业 | 自动化 测控技术与仪器 核工程与核技术 |
| 类别 | 专业名称 |
|---|---|
| 金融学类(本) | 金融学 |
| 法学类(本) | 法学 |
| 社会学类(本) | 社会学 |
| 马克思主义理论类(本) | 思想政治教育 |
| 外国语言文学类(本) | 英语 |
| 数学类(本) | 数学与应用数学 |
| 力学类(本) | 工程力学 |
| 机械类(本) | 工业设计 机械设计制造及其自动化 机械设计制造及其自动化（中外联合办学） |
| 仪器类(本) | 测控技术与仪器 |
| 材料类(本) | 材料科学与工程 材料物理（中外联合办学） |
| 能源动力类(本) | 能源与动力工程 |
| 电气类(本) | 电气工程及其自动化 |
| 电子信息类(本) | 光电信息科学与工程 通信工程 电子信息工程 水声工程 电子信息工程（水声） 水声工程（海洋工程联合学院） 海洋信息工程 |
| 自动化类(本) | 自动化 自动化（海洋工程联合学院） 机器人工程 |
| 计算机类(本) | 软件工程 计算机科学与技术 信息安全 |
| 土木类(本) | 土木工程 土木工程（中外联合办学） |
| 水利类(本) | 港口航道与海岸工程 |
| 化工与制药类(本) | 化学工程与工艺 |
| 交通运输类(本) | 轮机工程 轮机工程（海洋工程联合学院） |
| 海洋工程类(本) | 船舶与海洋工程（船舶工程、海洋工程和潜艇潜器） 船舶与海洋工程（海洋工程联合学院） 海洋机器人 |
| 航空航天类(本) | 飞行器动力工程 飞行器设计与工程 |
| 兵器类(本) | 探测制导与控制技术 |
| 核工程类(本) | 核化工与核燃料工程 核工程与核技术 |
| 工商管理类(本) | 工商管理 |
| 公共管理类(本) | 公共事业管理 |
| 电子商务类(本) | 电子商务 |
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