黑龙江大学有2个校区，分别是南岗校区和呼兰校区。
南岗校区
位于黑龙江省哈尔滨市南岗区学府路74号 邮编：
150080。该校区为黑龙江大学主校区本部，其包括格致园(A区)、子衿园(B区)、丽泽园(C区)、禹治园(D区)。
呼兰校区
位于黑龙江省哈尔滨市呼兰区东直路345号 邮编：
150501。该校区生态环境优美。驻扎黑龙江大学农作物研究院和生物科技产业园，呼兰校区主要承担部分科研任务，不承担教学任务。
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