北京中医药大学有3个校区，分别是分别为和平街校区、望京校区和良乡校区。
良乡校区：北京市房山区阳光南大街与白杨东路交叉口东北角
和平东桥校区(西校区)北京市朝阳区北三环东路11号
占地约400亩，主攻专业包括临床，管理，法学，英语，研究生，博士生，针灸推拿，毗邻对外经济贸易大学，北京化工大学和北京服装学院等高校。
望京校区(东校区)：北京市朝阳区中环南路6号
主要为中药学院、护理学院和国际学院，有中药实验室、护理楼、国际学院楼。此外有学生公寓，小花园，国际学院预科，毗邻中央美术学院，北京青年政治学院和中国社会科学院研究生院等院校。
截至2017年3月，设有中医学院、中药学院、生命科学学院、针灸推拿学院、管理学院、护理学院、人文学院、马克思主义学院、国学院、国际学院、台港澳中医学部、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院、第五临床医学院、第七临床医学院、研究生院、远程教育学院、继续教育学院、体育教学部等教学机构。设有中医学、中药学、中药制药、药学、针灸推拿学、康复治疗学、公共事业管理(卫生事业)、药事管理、信息管理与信息系统、护理学、英语、法学(医药卫生)12个本科专业。
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