内蒙古医科大学现在有3个校区，分别为内蒙古医科大学金山校区、新华校区、锡林校区。
1、内蒙古医科大学金山校区
地址：内蒙古自治区呼和浩特市金山开发区金山大道(牛牛营村)
2、内蒙古医科大学新华校区
地址：内蒙古呼和浩特市新华大街5号
3、内蒙古医科大学锡林校区
地址：内蒙古自治区呼和浩特市锡林
截至2016年8月，学校有金山校区、新华校区、锡林校区三个教学园区，总占地面积1230141平方米，总建筑面积453591平方米。其中，教学行政用房面积203636平方米。教学科研仪器设备总值35343.22万元，各类图书文献105万册(种)。2007年，学校顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估，被评为“优秀”等次。
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