福建中医药大学现在有2个校区，分别为福建中医药大学旗山校区、屏山校区。
1、福建中医药大学旗山校区
地址：福建省福州市闽侯县上街镇上街华佗路1号
2、福建中医药大学屏山校区
地址：五四路282号
学校拥有两个校区，共占地1030亩，各类建筑总面积32万多平方米，教学科研仪器设备总值2.5亿多元，纸质图书120万册、电子图书73万册。学校各类设施优良，配备了现代化的教学、科研、行政、生活等设施，建设了富有中医药文化气息的人文景观，是一个环境优美、文化浓郁的校园，被授予“全国中医药文化建设先进单位”和“全国绿化模范单位”荣誉称号。
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