山东农业工程学院现在有2个校区，分别为山东农业工程学院济南校区、北校区。
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1、山东农业工程学院济南校区
地址：中国山东济南市历城区农干院路866号
2、山东农业工程学院北校区
地址：中国山东德州市齐河县齐晏大街699号
学校有济南校区、北校区两个校区，校园建设面积2671亩。现有专任教师513人，其中副高级以上技术职务157人，占专任教师总数的30.6%，博士、硕士学位教师365人，占专任教师总数的71.15%。图书馆馆藏纸质图书82.3万册，购买了中国知网、读秀、超星等大型电子文献数据库，教学仪器设备总值达6441.17万元。设有食品安全检测中心、国土测绘实训中心、物流工程实训中心、机电工程综合实验室等83个实验室、实训中心，建有500亩功能完善、环境优美的生态园、60多个遍布全省各地的校外实习实训就业基地。
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