福建医科大学现在有2个校区，分别为福建医科大学上街、台江校区。
1、福建医科大学上街校区
地址：福州市闽侯县上街镇学园路1号
2、福建医科大学台江校区
地址：福州市交通路88号
学校拥有上街、台江2个校区，占地约1500亩，校舍建筑面积42万多平方米，办学主体位于福州市大学新区上街校区。设有20个学院(部)，学生21000多人、教职医护员工10700多人(含附属医院)，其中校本部1200多人。建有5所直属附属医院，其中附属第三医院正在建设中。坚持开放办学理念，先后与海内外30多所高校和科研院所开展了多层次、多角度的合作。
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