蚌埠医学院现在有2个校区，分别为蚌埠医学院老校区、新校区。
1、蚌埠医学院老校区
地址：治淮路801号
2、蚌埠医学院新校区
地址：蚌埠大学城东海大道2600号
学校新校区位于蚌埠市龙子湖畔，占地面积近1000亩，总建筑面积达33万平方米，是一所功能齐全、环境优美、智能化、生态化、数字化的校园，是安徽省第一届教育系统文明单位。校园内水波荡漾、奇石点缀、树林成荫，构成了富有特色的绿色园林景观，是安徽省园林式单位和绿化模范单位。
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