安徽医科大学现在有4个校区，分别为安徽医科大学梅山路校区、翡翠路校区、东校区（在建）、巢湖临床医学院院区。
1、安徽医科大学梅山路校区
地址：安徽省合肥市梅山路81号
2、安徽医科大学翡翠路校区
地址：安徽省合肥市蜀山区翡翠路15号
3、安徽医科大学东校区
地址：安徽省合肥市瑶海区裕溪路
4、安徽医科大学巢湖临床医学院院区
地址：安徽省巢湖市巢湖北路
学校现有梅山路校区、翡翠路校区、东校区(在建)、巢湖临床医学院院区等4个主要校区，校园占地面积1820亩。有直属教学机构16个，直属附属医院6所(第一附属医院、第二附属医院、第四附属医院、附属巢湖医院、附属阜阳医院、安徽省口腔医院)。
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