吉林医药学院有1个校区，吉林医药学院本部。
吉林医药学院本部位于吉林市丰满区华山路81号
截至2016年11月，学校占地面积52.73万平方米，建筑面积27.42万平方米。固定资产11.41亿元，教学、科研仪器设备总值1.66亿元。
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