河海大学有3个校区，分别是校本部、常州校区、江宁校区。
校本部
位置：江苏省南京市宁海路街道南京市鼓楼区西康路1号
河海大学校本部位于南京市鼓楼区清凉山北麓，占地800余亩，校园环境优美，绿树成荫，花香四季，参天法桐夹道而立。学校先后荣获全国部门绿化“三百佳”和江苏省“花园式高校”、“园林式单位”称号。多次获得江苏省文明单位、江苏省党建思想政治工作先进集体称号
常州校区
位置：江苏省常州市晋陵北路200号
1986年河海大学在江苏省常州市设立分校，后改为校区。常州校区是河海大学具有较完整办学功能的重要组成部分，是学校建设高水平特色研究型大学的重要支撑。校区地处江苏省苏锡常经济高速发展地区，位于常州国家高新技术产业开发区，与常州市行政中心比邻，占地436亩。
江宁校区
位置：江苏省南京市江宁开发区佛城西路8号
河海大学江宁校区教学区位于南京市江宁开发区，占地面积863亩，学生生活区占地面积134亩，教职工住宅占地80亩，总面积1077亩。江宁校区临近将军山、秦淮新河，是南京新时期发展的前沿，并与东南大学、南京航空航天大学相邻。
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