根据菏泽医学专科学校最新招生计划数据查询，菏泽医学专科学校开设专业有医药营销、口腔医学、药学、临床医学、中西医结合、临床医学（全科医学方向）、助产、临床医学（超声诊断方向）、麻醉学、护理学等，具体完整专业名单见下表。
| 院系设置 | 所有专业 |
|---|---|
| 临床医学系 | 医药营销，口腔医学，药学，临床医学，中西医结合，临床医学（全科医学方向），助产，临床医学（超声诊断方向），麻醉学，护理学 |
| 口腔医学系 | 口腔医学 |
| 护理系 | 护理 |
| 药学与生物制药工程系 | 医疗保险与实务，医疗保险实务，药品营销，医药营销，药学，医学检验技术，检验 |
| 基础医学部 | |
| 医学技术系 | |
| 思想政治理论教学部 |
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