南京工程学院专业有机械电子工程、机械工程、工业工程、过程装备与控制工程、车辆工程、交通设备与控制工程、汽车服务工程、交通运输、材料科学与工程等。
机械设计制造及其自动化、机械电子工程、机械工程、工业工程、过程装备与控制工程、车辆工程、交通设备与控制工程、汽车服务工程、交通运输、材料科学与工程、材料成型及控制工程、焊接技术与工程、金属材料工程、高分子材料与工程、复合材料与工程、功能材料、自动化、机器人工程、测控技术与仪器、智能制造工程；
计算机科学与技术、软件工程、网络工程、数字媒体技术、数据科学与大数据技术、电气工程及其自动化、智能电网信息工程、建筑电气与智能化、电气工程与智能控制、电气类、通信工程、电子信息工程、信息工程、光电信息科学与工程、电子信息科学与技术、能源与动力工程、核工程与核技术、建筑环境与能源应用工程；
新能源科学与工程、建筑学、土木工程、城市地下空间工程、环境工程、水质科学与技术、能源化学工程、工业设计、机械设计制造及其自动化、会计学、市场营销、财务管理、人力资源管理、物流管理、国际经济与贸易、信息管理与信息系统、工程造价、工程管理、劳动与社会保障、社会工作、英语、商务英语、产品设计、环境设计、视觉传达设计、动画、工艺美术。
学校由两所分别隶属于原国家机械部和原国家电力部的国家示范性高工专――原南京机械高等专科学校和原南京电力高等专科学校于2000年合并组建而成，2001年，隶属于原国家核工业部的原南京工业学校并入。学校占地面积近3000亩，各类建筑面积80多万平方米。
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