根据福建农业职业技术学院最新招生计划数据查询，福建农业职业技术学院开设专业有农业生物技术、食品质量与安全、食品加工技术、食品生物技术、环境工程技术、食品营养与检测、宠物养护与驯导、畜牧兽医、动物医学、动物防疫与检疫等，具体完整专业名单见下表。
| 院系设置 | 所有专业 |
|---|---|
| 生物技术学院 | 农业生物技术，食品质量与安全，食品加工技术，食品生物技术，环境工程技术，食品营养与检测 |
| 动物科学学院 | 宠物养护与驯导，畜牧兽医，动物医学，动物防疫与检疫 |
| 信息技术学院 | 动漫制作技术，计算机应用技术，物联网应用技术，电子商务，计算机网络技术，移动商务 |
| 经济管理学院 | 市场营销，金融管理，统计与会计核算，物流管理，投资与理财，会计，互联网金融，审计，连锁经管管理 |
| 互联网金融学院 | 互联网金融，金融管理 |
| 园艺园林学院 | 园艺技术，建筑工程技术，园林工程技术，工程造价，园林技术，建设工程管理 |
| 软件学院 | 软件技术 |
| 通信学院 | 通信技术，移动应用开发技术 |
| 观光农业学院 | 休闲农业 |
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