国家特色专业（2个）：临床医学、麻醉学。
江西省高校特色专业（4个）：公共事业管理、护理学、预防医学、运动人体科学
江西省一流专业8个：临床医学、应用心理学、药学、护理学、麻醉学、医学影像学、预防医学、医学影像技术
| 所在院系 | 培养层次 | 专业名称 | 授予学位 | 修业年限 |
|---|---|---|---|---|
赣南医学院基础医学院 | 本科 | 临床医学 | 医学学士 | 五年 |
| 本科 | 临床医学（定向） | 医学学士 | 五年 | |
| 本科 | 预防医学 | 医学学士 | 五年 | |
| 本科 | 法医学 | 医学学士 | 五年 | |
| 本科 | 生物技术 | 理学学士 | 四年 | |
赣南医学院第一临床医学院 | 本科 | 临床医学(中西医结合临床方向) | 医学学士 | 五年 |
| 本科 | 临床医学（影像诊断方向） | 医学学士 | 五年 | |
| 本科 | 临床医学（眼耳鼻喉方向） | 医学学士 | 五年 | |
| 本科 | 麻醉学 | 医学学士 | 五年 | |
| 专科 | 临床医学（全科医学方向） | - | 三年 | |
| 专科 | 医学检验技术 | - | 三年 | |
| 专科 | 临床医学 | - | 三年 | |
| 本科 | 医学检验技术 | 医学学士 | 四年 | |
| 本科 | 口腔医学 | 医学学士 | 五年 | |
| 专科 | 口腔医学 | - | 三年 | |
赣南医学院人文社会科学学院 | 本科 | 公共事业管理 | 管理学学士 | 四年 |
| 本科 | 英语 | 文学学士 | 四年 | |
| 本科 | 法学 | 法学学士 | 四年 | |
| 本科 | 应用心理学 | 理学学士 | 四年 | |
| 专科 | 艺术设计 | |||
| 本科 | 临床医学（医学心理方向） | 医学学士 | 五 年 | |
| 本科 | 临床医学（医事法学方向） | 医学学士 | 五年 | |
| 本科 | 临床医学（精神卫生方向） | 医学学士 | 五年 | |
| 专科 | 医药营销 | 三年 | ||
| 赣南医学院康复学院 | 本科 | 运动人体科学 | 教育学学士 | 四年 |
| 本科 | 康复治疗学 | 理学学士 | 四年 | |
| 本科 | 运动康复 | 理学学士 | 四年 | |
赣南医学院护理学院 | 本科 | 护理学 | 医学学士 | 四年 |
| 专科 | 护理 | - | 三年 | |
| 专科 | 助产 | 三年 | ||
| 赣南医学院药学院 | 本科 | 药学 | 理学学士 | 四年 |
| 本科 | 制药工程 | 工学学士 | 四年 | |
| 本科 | 中药学 | 理学学士 | 四年 |
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