办本科是指国家机构以外的社会组织或者个人，利用非国家财政性经费，面向社会依法举办的本科高校或其他教育机构其办学层次是本科。民办本科，包括转设的独立学院、部分中外合作高校的本科专业、民办普通本科高校。民办本科包含2种类型：民办二本、民办三本。
独立学院，是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校，因而独立学院学费是公立大学的三到四倍。
独立学院是民办高等教育的重要组成部分，属于公益性事业，依法享有民办教育促进法、民办教育促进法实施条例规定的各项奖励与扶持政策；由省、自治区、直辖市人民政府教育行政部门主管本行政区域内的独立学院工作。
从办学层次上来讲，民办院校包括本科和专科院校，而独立院校只在本科层次招生。专科层次不存在独立院校一说。
办学的主体不同。民办院校的办学主体是社会力量办学，包括个人或者社会机构办学。而独立院校的主办者必定是普通高校，合作者是社会力量。民办院校是按照民办教育促进法设立的，而独立学院是教育行政规章设立的。
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