从办学层次上来讲，民办院校包括本科和专科院校，而独立院校只在本科层次招生。专科层次不存在独立院校一说。
办学的主体不同。民办院校的办学主体是社会力量办学，包括个人或者社会机构办学。而独立院校的主办者必定是普通高校，合作者是社会力量。民办院校是按照民办教育促进法设立的，而独立学院是教育行政规章设立的。
第三:从学校名称上，民办院校有自己的校名。而独立学院则是设在某一个大学名下的。如:厦门大学嘉庚学院。
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