安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年，省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。
学校是国家中医临床研究基地、国家中药现代化科技产业（安徽）基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地，国家博士授权单位、硕士研究生推荐免试单位。现占地总面积1269.68亩，有少荃湖、梅山路、史河路、六安路四个校区。图书馆藏书201.55万册，古籍部珍藏古籍线装书3.3万册，是“全国古籍重点保护单位”。中药资源中心腊叶标本室储藏了15万份药用植物腊叶标本，是全国医药院校珍藏标本最丰富的标本室。新安医学文化中心是安徽省中医药文化宣传教育基地。
因为2021年的最新招生计划暂时还未出来，以下是2020年在安徽招生的有关信息仅做参考。
| 专业名称 | 学科门类 | 计划招生 | 学制 |
|---|---|---|---|
| 保险学 | 经济学 | 55 | 四年 |
| 国际经济与贸易 | 经济学 | 84 | 四年 |
| 应用心理学 | 理学 | 55 | 四年 |
| 医学信息工程 | 工学 | 56 | 四年 |
| 数据科学与大数据技术 | 工学 | 56 | 四年 |
| 制药工程 | 工学 | 56 | 四年 |
| 生物医学工程 | 工学 | 116 | 四年 |
| 食品质量与安全 | 工学 | 28 | 四年 |
| 生物制药 | 工学 | 26 | 四年 |
| 中医学 | 医学 | 88 | 五年 |
| 专业名称 | 学科门类 | 计划招生 | 学制 |
|---|---|---|---|
| 中医学（5+3一体化） | 医学 | 30 | 八年 |
| 针灸推拿学 | 医学 | 65 | 五年 |
| 中医儿科学 | 医学 | 22 | 五年 |
| 中医骨伤科学 | 医学 | 54 | 五年 |
| 中西医临床医学 | 医学 | 391 | 五年 |
| 药学类（含药学、药物分析） | 医学 | 176 | 四年 |
| 药物制剂 | 医学 | 55 | 四年 |
| 中药学类（含中药学、中药资源与开发） | 医学 | 101 | 四年 |
| 康复治疗学 | 医学 | 59 | 四年 |
| 信息管理与信息系统 | 管理学 | 58 |
| 专业名称 | 学科门类 | 计划招生 | 学制 |
|---|---|---|---|
| 人力资源管理 | 管理学 | 55 | 四年 |
| 公共事业管理 | 管理学 | 26 | 四年 |
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