教育部门并没有说南京中医药大学是一本还是二本，南京中医药大学是几本只是民间说法，到底是一本还是二本要根据所在省份（市）招生批次确定。（目前高考是按照省份招生，某大学在某省是第一批次招生的话，通常说该大学是一本大学，在第二批次招生的话，通常说该大学是二本大学，既有一批又有二批招生的，通常也认为是二本大学。）
根据南京中医药大学公开信息可知：
南京中医药大学在江苏和全国基本是第一批次招生，所以我们通常认为南京中医药大学是一本大学。
| 类别 | 专业 |
|---|---|
| 经济与贸易类(本) | 国际经济与贸易 |
| 生物科学类(本) | 生物技术 |
| 心理学类(本) | 应用心理学 |
| 电子信息类(本) | 医学信息工程 人工智能 |
| 计算机类(本) | 计算机科学与技术 软件工程 |
| 食品科学与工程类(本) | 食品质量与安全（中外合作办学） |
| 生物工程类(本) | 生物制药（中外合作办学） |
| 临床医学类(本) | 临床医学 |
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