教育部门并没有说南京医科大学是一本还是二本，南京医科大学是几本只是民间说法，到底是一本还是二本要根据所在省份（市）招生批次确定。（目前高考是按照省份招生，某大学在某省是第一批次招生的话，通常说该大学是一本大学，在第二批次招生的话，通常说该大学是二本大学，既有一批又有二批招生的，通常也认为是二本大学。）
根据南京医科大学公开信息可知：
南京医科大学在江苏和全国基本是第一批次招生，所以我们通常认为南京医科大学是一本大学。
| 类别 | 专业 |
|---|---|
| 外国语言文学类(本) | 英语 |
| 生物科学类(本) | 生物信息学 |
| 统计学类(本) | 应用统计学（生物统计学） |
| 电子信息类(本) | 医学信息工程 |
| 生物医学工程类(本) | 生物医学工程 |
| 基础医学类(本) | 基础医学 |
| 临床医学类(本) | 临床医学 临床医学（儿科医学） 放射医学 医学影像学 眼视光医学 精神医学 临床医学（儿科学） |
| 口腔医学类(本) | 口腔医学 |
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