南京工业大学有二级学院28个。
学校设有11个学部，28个学院，各类学生3.8万余人。拥有国家一级重点学科1个，江苏省一级学科国家重点学科培育建设点1个，江苏高校国家重点学科培育建设点2个，江苏高校优势学科一期项目4项、二期项目6项、三期项目6项，“十三五”江苏省重点学科2个，“十四五”江苏省重点学科8个，博士后科研流动站7个，一级学科博士学位授予点8个、自主设置二级学科博士学位授予点10个、博士专业学位授予点1个，一级学科硕士学位授予点29个、自主设置二级学科硕士学位授予点20个，硕士专业学位授予点18个，本科专业101个，跨工、理、管、经、文、法、医、艺、教9个学科门类。
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