北校区：是吉林工商学院的主校区，位于吉林市船营区船北路1696号，占地面积1350余亩。北校区建筑面积近60万平方米，教学科研设施齐备，图书馆藏书64万册，多功能体育馆可容纳1.5万人同时进行体育活动。
南校区：位于吉林市船营区南两城街2988号，占地面积640余亩。南校区主要是提供学生住宿和部分教学服务，设施齐全，近年来迅速发展。
船营校区：位于吉林市船营区雷波山风景区内，距离北校区15公里。该校区用于生态农业、农村发展和农业科技创新等专业的教学、实习和科研，拥有世界级的农业观光庄园和农业实验基地。
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