南京农业大学的校徽主要以中国传统元素和农业特色为主。校徽的主体图案为一个半圆形的盾牌，象征着学校的防御和保护。盾牌的上方是一个抽象的篆书“南”字，代表学校位于南京。下方是一个绿色的地球仪，表示学校与全球农业相关的学科领域紧密相连。
在地球仪的背景中，有三片相互交错的绿叶，分别象征着三个学院：农学院、园艺学院和资源与环境学院。这三片绿叶共同托起地球仪，寓意着学校致力于为全球农业发展培养优秀人才。
校徽的外围是一个圆形的边框，边框内部是南京农业大学的英文名称和成立时间。整个校徽简洁大方，富有中国传统文化特色和农业特色。
校徽承同心圆图形，似充满动力的车轮，象征着学校不断滚滚向上发展的态势，象征着全校师生凝聚全力奋力向上，追求卓越的坚定的信念和团结，勤奋，求实，创新的校训
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