福州理工学院和福州工商学院虽然都是位于福州市的本科院校，但它们的办学定位和特色不尽相同。福州理工学院主要侧重于工科类专业的教学和研究，如机械工程、电气工程、计算机科学等，同时也拥有一定的艺术学科和经济管理学科。
而福州工商学院则主要注重经济管理类专业的教学和研究，如财务管理、市场营销、国际贸易等，也有一些工科和文学艺术学科。两所学校的专业设置和教学重心有所不同，学校文化氛围也各有特点。
都是民办本科，福州理工学院由福州海峡职业技术学院升格，工科为主。福州工商学院由福建农林大学东方学院转设，文科为主。
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