南通职大和南通工程职业学院各有利弊，要根据个人的情况来选择。
1.南通职大方面：南通职大是一所综合性大学，设有多个学院，例如机械工程学院、信息工程学院、商学院等，教学实力强，拥有很多优秀教师和先进的教学设施。
2.南通工程职业学院方面：南通工程职业学院主要以职业教育为主，注重培训学生的实际技能，开设有多个具有实用性的专业，如机电一体化技术、数控技术等。
3.因此，要根据自己的情况来选择，如果想要深入学习某一领域，或者追求更高的学术水平，可以考虑选择南通职大；如果希望快速掌握实用技能，或者想要快速就业，可以选择南通工程职业学院。
南通最好的职高学校是江苏工程职业技术学院，其次是南通职业大学、南通科技职业学院、南通航运职业技术学院、江苏省如东职业高级中学。
江苏工程职业技术学院（Jiangsu College of Engineering and Technology，JCET），坐落于江苏省南通市，学校是江苏省人民政府举办的一所普通高等学校，是国家示范性高职院校、江苏省高水平高职院校建设单位，入选中国特色高水平高职学校和专业建设计划。
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