南京铁道职业技术学院有两个校区，院系情况如下： 学院本部（南京校区）设有运输管理学院、通信信号学院、动力工程学院、经贸学院、软件学院、国际合作学院、地铁学院 7个学院； 苏州校区设有城市轨道交通系、自动控制工程系、建筑设备工程系、机械工程系、工商管理系、电子信息工程系 6个系。
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