1995年6月27日，经原国家教委批准，由佳木斯医学院、佳木斯工学院、佳木斯师范专科学校和原佳木斯大学四所学校合并组成佳木斯大学。1996年11月21日，佳木斯大学正式挂牌启动；
2000年5月，佳木斯市粮食干校并入；
2003年5月，富锦师范学校并入；
2003年12月，黑龙江省理工学校并入。
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