深圳北理莫斯科大学首批设置国际经济与贸易、俄语课程、数学与应用数学、材料科学与工程四个本科专业，后续所规划专业将按国家规定和程序逐年增设。
在学科专业的设置上，深圳北理莫斯科大学充分考虑了国家“一带一路”战略发展的需求和深圳及珠三角地区经济社会发展的需求，还体现了浓重的学科交叉的色彩，发挥双方办学优势。例如，“数学与应用数学”专业，将莫斯科大学的数学专业与科学应用结合。
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