皖江工学院校区分为主校区和南校区。
主校区位于安徽省芜湖市弋江区，占地面积约为1600亩，是学校的主要校区。主校区设有行政办公楼、教学楼、实验楼、图书馆、学生宿舍楼等基础设施，提供教学、科研和生活服务。
南校区位于芜湖市镜湖区，占地面积约为1000亩，是学校的分校区。南校区设有教学楼、实验楼、学生宿舍楼等基础设施，提供部分教学和生活服务。
两个校区之间有校车和公交车等交通工具连接，方便师生之间的往来。
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