3个校区，南通师范高等专科学校有南通、如皋、海门三个，通州校区是南通师范高等专科学校最主要的校区，也是本科专业最多的校区。
如皋校区位于江苏省如皋市，是南通师范高等专科学校最新建成的分校区。这个校区离市区有些远，但是校园环境非常优美，空气清新，适合学习和放松。
最后是海门校区，这个校区位于江苏省海门市，距离南通市中心也有些远。海门校区前身是海门师范学校，后来并入了南通师范高等专科学校大家庭。
3个校区，南通师范高等专科学校由南通校区、如皋校区、开发区校区组成。其中，南通校区位于濠河风景区(国家5A级)内，钟灵毓秀，人文荟萃；如皋校区“师范学堂旧址”古建筑群系全国第七批重点文物保护单位。
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