开设的院系有：
研究生学院（研究生工作处、学位办公室、学科发展规划处）、基础医学院（中医基础理论研究院）、药学院（中药研究院）、针灸推拿学院（养生针灸研究所）、信息工程学院、经济管理学院、护理学院、外国语学院、继续教育学院（继续教育处）、马克思主义学院、体育部、中医文献研究院（博物馆）、中医药创新工程技术中心、高等中医药教育研究及评价中心、辽宁省中医药科学院、信息中心、辽宁中医药大学发展研究中心、教学实验中心、实验动物中心、图书馆、编辑部医学检验学院。
| 院系设置 | |||
| 研究生学院（研究生工作处、学位办公室、学科发展规划处） | 基础医学院（中医基础理论研究院） | 药学院（中药研究院） | |
| 针灸推拿学院（养生针灸研究所） | 信息工程学院 | 经济管理学院 | |
| 护理学院 | 外国语学院 | 继续教育学院（继续教育处） | |
| 马克思主义学院 | 体育部 | 中医文献研究院（博物馆） | |
| 中医药创新工程技术中心 | 高等中医药教育研究及评价中心 | 辽宁省中医药科学院 | |
| 信息中心 | 辽宁中医药大学发展研究中心 | 教学实验中心 | |
| 实验动物中心 | 图书馆 | 编辑部医学检验学院 | |
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