南京二本大学有河海大学、南京师范大学、南京信息工程大学、南京邮电大学、南京工业大学、南京林业大学、南京医科大学、南京中医药大学、南京财经大学、金陵科技学院、南京工程学院、南京审计大学等。其中部分高校既可以算一本，也可以算二本。因为这些高校在全国招生中既有第一批次招生也有第二批次招生,如果是一本批次招生,我们可以认为它是是一本大学；如果高校在考生省份是本科二批招生的话,也可以说这些大学是二本。现在一本二本大学的界限已经慢慢模糊，目前大部分省市已经将本科二批三批合并为本科二批，北京、上海、浙江、山东等省市在二批和三批合并的基础上，将二批和一批合并，只有本科批次了，这也是高考改革大势所趋，让所有大学在同一平台公平竞争。
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