两所大学都很好，如果一定要进行比较，也是要根据个人的理想和目标的设立来进行比较，两所高校的办学理念和情况都有些不同，只能是从以下几个情况来进行纵向比较，来进行对比。
一、两所高校都入选了2012教育部卓越医生培养计划，但它们的培养方向是不同的。
1、南京大学医学院：2012年入选教育部卓越医生培养计划中的拔尖创新人才培养计划，目标是培养杰出的领导型临床学家和医学科学家。
2、南京医科大学：2012年入选教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校，承担的项目名称为五年制临床医学人才培养。
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