广州中医药大学和南方医科大学都是中国著名的医学院校，两所学校在不同方面都有自己的优势和特点。
以下是它们的一些不同点：
1. 学科设置：广州中医药大学以中医药学科为主，具有深厚的中医药研究基础和教学优势，同时也有西医学和药学等学科。南方医科大学则以西医学和药学为主，同时也有中医学和中药学等学科。
2. 学科实力：广州中医药大学在中药学、中医学、针灸推拿等领域拥有较强的学科优势，南方医科大学在临床医学、基础医学、药学等领域也具有较高的学术水平。
3. 学校规模：广州中医药大学目前拥有三个校区，占地面积较大，而南方医科大学则只有一个校区。
4. 学校声誉：两所学校在国内外都有很高的声誉，但在某些领域可能会有所不同，如广州中医药大学在中医药领域具有很高的声誉，而南方医科大学在临床医学和药学领域也享有较高的声誉。
因此，无法简单地说哪所学校更好，选择哪所学校需要根据个人的兴趣、专业需求和未来的职业规划等因素进行综合考虑。
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