吉林农业科技学院南北校区分别设有以下系部：
南校区：
1. 植物保护学院
2. 农学院
3. 园艺学院
4. 林学院
5. 资源与环境学院
6. 生命科学与农业生物学院
7. 工学院
8. 经济管理学院
9.化学与环境工程学院
10. 外语学院
11. 艺术学院
12. 对外汉语学院
13. 国际交流学院
14. 马克思主义学院
15. 体育部
16. 创新创业学院
17. 网络与新媒体中心
18. 中医学院
北校区：
1. 机械工程学院
2. 信息学院
3. 食品科学与工程学院
4. 动物科学学院
5. 畜牧兽医学院
6. 基础部
7. 宣传部（党委宣传部）
8. 学生工作处
9. 后勤管理处
10. 教务处
11. 科研处
12. 研究生处
13. 国际教育学院
14. 研究生部
15. 资产与实验室管理处
16. 信息化处
17. 图书馆
18. 实习实验中心
以上是根据公开资料整理的信息，具体以学校官方网站或相关部门公告为准。
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