东京大学和北京大学相比，东京大学更好。
虽然在排名上北大不如东大，但考虑到实际情况，如中国人考上北大的难度远高于日本人考上东京大学的难度，北大毕业生在国际上还是比较受认可。各跨国公司和世界顶尖名校都很欢迎北大的学生，中国这些学生既聪明又勤奋，在纵多领域取得了很好的成绩。
东京大学共培养了包括13名诺贝尔奖得主、6名沃尔夫奖得主、1名菲尔兹奖得主和一位盖尔德纳国际奖得主。
所以在科研上来讲，相对来说东京大学肯定是好一些。
北大在国际排名也还可以，但是东京大学的知名度更高一些。
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