有所区别。
①院系设置不同，南京理工大学的南京校区设置的院系有机械工程学院、化工学院、经济管理学院以及理学院等院系。南京理工大学江阴校区设置的院系有中法工程师学院、网络空间安全学院、智能制造学院、新能源学院、工业互联网研究院、国际教育学院。
②校区启用时间不同，南京理工大学南京校区是在1953年创建启用，江阴校区在2020年9月启用。
③占地规模不同，南京理工大学南京校区占地3200亩，校舍建筑面积为108万平方米，江阴校区占地面积1115亩，校舍建筑面积为32万平方米。
④办学重点不同，南京理工大学南京校区主要聚焦核心办学功能建设及提升，江阴校区主要聚焦国家战略实施和国际化办学。
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