云南农业大学共有20个学院，涵盖了生物技术、农学、种子科学与工程、智慧农业、中草药栽培与鉴定、动物科学、蜂学、水产养殖学、草业科学、动物医学、兽医公共卫生、农学与生物技术、植物保护与生物农药、林业科学、园艺、茶学、农学与经济作物、食品科学与工程、生物信息学和农业工程等学科专业。
国家级特色专业：生物技术、农学、园艺、茶学、动物科学、植物保护
国家级卓越工程师教育培养计划建设专业：水利水电工程、农业机械化及其自动化
省级特色专业：农学、食品质量与安全、蜂学、水利水电工程、农业机械化及其自动化等
省级重点建设专业：生物技术、植物保护、水利水电工程、动物科学、农业资源与环境等
云南省卓越工程师教育培养计划建设专业：水利水电工程、农业机械化及其自动化、机械设计制造及其自动化、土木工程
五华校区、普洱校区、西双版纳校区
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