西南大学共有两个校区，分别为北碚校区和荣昌校区，其中北碚校区为主校区。
1、专业设置侧重点不同。
西南大学将下属二级学院中的动物科学技术学院、动物医学院、水产学院、商贸学院，设在荣昌校区。所以，在西南大学荣昌校区的专业，一般都偏向于畜牧业和商贸类。
2、共建单位不同。
西南大学是教育部直属，教育部、农业农村部、重庆市共建的重点综合大学。西南大学荣昌校区是中华人民共和国教育部直属高校，由教育部、农业部与重庆市人民政府共建，是“双一流”世界一流学科建设高校。
3、报考人气不同
北碚校区：高，录取分数线也高。
荣昌校区：低，录取分数线也低很多。
4、外界口碑不同
北碚校区：好，重庆市少有的211大学名校之一，办学底蕴深厚，校园漂亮，外界评价高。
荣昌校区：差，被很多人认为是二本大学，校园占地小，与北碚校区没法比。
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