首先明确这两所新式学校的创办是不同运动的产物。京师同文馆是洋务教育的产物，京师大学堂是为维新时期的产物。
其次，学校性质和教育目的不同。京师同文馆最初作为外语学校设立，培养的是懂外语、会外交的洋务人才；京师大学堂不仅是全国最高的学府，也是全国最高的教育行政机关，教育思想是“中学为体，西学为用”。
最后，注意京师同文馆在近代中国教育史上的特殊地位：它是洋务学堂的开端，也是中国近代新教育的开端。
区别这两所学校，关键在于，一个是洋务运动的教育措施，坚持的是洋务派的思想；一个是维新运动的教育措施，坚持的是维新派的教育思想。
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