重庆交通大学起源于1951年创办的西南交通专科学校。
1960年，由成都工学院土木系、武汉水运学院水工系、四川冶金学院冶金系、重庆公路工程学校4所知名院校共同组建成重庆交通学院。
2000年，学校成为重庆市与国家交通运输部共建高校。
学校于2006年正式更名为重庆交通大学。目前是我国4所知名的交通大学之一。
在2020年软科发布的中国大学排名中，重庆交通大学全国排名第174位，排名高于中北大学；全重庆市排名第6位，高于重庆理工大学、重庆师范大学，低于重庆邮电大学。
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