学校1958年开始招收五年制本科学生,1978年招收硕士研究生,是全国首批硕士学位授予单位,具有博士学位授予权。现有临床医学、基础医学、药学、生物医学工程一级学科博士点和临床医学专业学位博士点,临床医学、护理学、中药学、生物学、生物医学工程、基础医学、中西医结合、药学、医学技术、口腔医学、公共卫生与预防医学、公共管理等12个一级学科硕士点。
温州医科大学是一本。
2015年温州医科大学成为浙江省政府、国家卫生健康委和教育部共建高校。
2017年,成为浙江省重点建设高校。