清华大学却有两个医学院, 北京协和医学院和清华大学合作成立了清华大学医学部,所以清华大学有了医学部。清华大学医学院成立于2001年10月25日，首任院长由中国著名医学科学家、两院院士吴阶平教授担任。
生物物理学家赵南明教授，结构生物学家施一公院士，神经科学家鲁白教授，免疫学家董晨教授先后担任常务副院长。
2016年9月，董晨教授担任医学院院长。
2020年12月，祁海教授担任医学院院长。
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